冷冻干燥机操作方法：冷冻干燥前，先将准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，使物品完全冰冻结实，方可进行冷冻干燥。主机与真空泵之间由真空管连接，连接处采用国际标准卡箍。卡箍内含一只密封橡胶圈，连接前可在橡胶圈上涂抹适量真空脂，再用卡箍卡紧。主机的右侧板上设有真空泵的电源插座，将真空泵的电源线连接好。检查真空泵，确认已加注真空泵油，不可无油运转。油面不得低于油镜中线。主机冷阱上方的“O”型密封橡胶圈应保持清洁，第一次使用时，可薄薄涂上一层真空脂，有机玻璃罩置于橡胶圈上，轻轻旋转几下，有利于密封。
开机操作：
1.接通电源线，此时察看总电源指示灯是否闪烁，闪烁说明电源已接通。
2.按下“总电源”开关键三秒，此时“冷阱温度”显示窗开始显示冷阱温度，放开此键。
3.按下“制冷机”开关键，制冷机开始运转，冷阱温度逐渐降低。为使冷阱具有充分吸附水份的能力，预冷时间应不少于30分钟。
4.按下“真空计”开关键，此时真空数码显示为“110”，“103”指示灯亮。
5.预冷结束后，将已准备好的待干燥物品置于干燥盘中，罩上有机玻璃筒，将充气阀和放水阀(位于右侧板上)顺时针方向拧紧。
6.按下“真空泵”开关键，真空泵开始工作，数码显示下降直至20Pa以下，冷冻干燥进程开始。注：在真空泵开始工作时，用力下压有机玻璃罩片刻，有利于密封。
7.多歧管型首先应将橡胶阀关闭(将阀芯长把向上)，待真空度达到20Pa以下时将预冻结束的冻干瓶插入橡胶阀下接口，将塑料阀芯向下旋转180度。注意：此时真空计示数会有回升，应在真空度达到20Pa以下时，再装下一瓶。
关机操作：
1.首先慢慢(一定要慢，否则真空泵里的油会倒吸)打开“充气阀”，同时按下“真空泵”电源开关键，使空气缓慢进入冷阱。如需充入惰性气体，则将惰性气体的减压导管连接“充气口”，然后慢慢打开“充气阀”，使惰性气体缓慢进入冷阱。
2.依次按下“真空表”，“制冷机”开关，关闭，此时指示灯灭，“总电源”开关键，同开机时按下三秒无显示后放开此键。
3.提起有机玻璃罩，将物品取出，保存，冷冻干燥过程结束。
4.冷阱中的冰化成水后，打开“放水阀”将水排出。
5.清理冷阱内的水份和杂质，妥善保养设备。
6.真空泵不用时，应盖上出水嘴，以防脏物进入
7.多歧管型，应逐个关闭橡胶阀并取下冻干瓶后再重复关机操作。
注意事项：操作过程中切勿频繁开关，如因操作失误造成制冷机停止运转，不能立即启动，至少等20分钟后方可再次启动，以免损坏制冷机。每次冷冻干燥后，冷阱盘管上的冰化成水后，用毛巾清除干净冻干结束旋开“充气阀”向冷阱充气时，一定要慢，以免冲坏真空计。
冷冻干燥机的型号多，有-50℃/普通型、-50℃/压盖型、-50℃/挂瓶型、-50℃/压盖挂瓶型、-50℃/菌种保藏型、-80℃/普通型、-80℃/压盖型-、80℃/压盖挂瓶型、-80℃/菌种保藏型等等。
